Aunque la estructura y la fachada quedaron en pie y sin daños fundamentales, el techo, la aguja y varias reliquias se destacan entre las principales pérdidas.
El incendio de Notre Dame de París destruyó una parte importante del patrimonio arquitectónico, artístico y religioso de la catedral, pero el trabajo de los bomberos, además de evitar daños personales, ha permitido salvar muchos otros, en particular la estructura del edificio.
La pérdida más visible es la aguja de la catedral, que se hundió entre las llamas apenas una hora después de iniciarse el incendio. Según el ministro de Cultura, Franck Riester, todo apunta a que fue allí donde comenzó el fuego, en una zona donde se habían iniciado obras recientemente y donde se había instalado un andamiaje de 100 metros de altura.
La aguja había quedado destruida varias veces a lo largo de la historia de Notre Dame. La que se vino abajo el lunes databa de 1859 y había sido diseñada por el arquitecto Eugène Viollet le Duc.
En un espacio contiguo también se hundieron el crucero y el transepto norte, y Riester dijo que hay "una gran inquietud" por la reacción de la bóveda del edificio a causa de la gran cantidad de agua que recibió de las mangueras de los bomberos.